Japan 1870. Der amerikanische Bürgerkriegsveteran Captain Nathan Algren übernimmt die ungewöhnliche Aufgabe, die kaiserliche japanische Armee im Umgang mit modernen Schusswaffen zu trainieren, um die Krieger des letzten Samurais niederzustrecken.
Als Algren in die Hände der Schwertkämpfer gerät, muss er entscheiden, für welche Seite er kämpfen will.